Christoffer Harder

knuten till universitetet,

Forskningsområden

Ämnesklassifikation (UKÄ)

  • Naturvetenskap

Nyckelord

  • svamp och bakterie samhälle i jord, växtekologi, genomic characterization

Forskning

Jag är Carlsberg International Research Fellow på et internationellt postdoktor-stipendium från den danska Carlsbergfondet (https://www.carlsbergfondet.dk/da/Ansoeger/Sog-Stotte/Opslag-og-Vejledning/Internationalisation-Fellowships).

Min stora forskningsinteressa handlar om hur annars "fridliga" svampar, som vanligvis livnärar sig av dödt ved, börjar invadera levande växters rötter och äntingen göra siktbar skada, leva döld eller ingå i symbios (där växt och sopp ömsesidigt överförar näringsämnen) till fördel för båda. Jag jobbar särskilt med släktet Mycena (hättor) i et modellsystem med vårtbjörk (Betula pendula). Jag studerer transkriptomer, hela genomer, gör bioinformatik och biostatistik, odlar svampkulturar, och är annars så mycket som möjligt ute i fältet i Norden och Arktis och hitta svampar, växter och annat material.

Hättor har de största kända hattsvampsgenomer som finns, särskilt arktiska hättor, och i samarbeta med forskare på SLU (Uppsala), INRA (Nancy), EVOGENE (Oslo), Synthetic and Systems Biology Unit (Szeged), Joint Genome Institute (San Fransisco) och James Hutton Institute (Aberdeen) kortläggar jag hättornas genomer och försöker att identifiera specifika genetiska orsaker til deras olika interaktioner med växter - och varför deres genomer er så enorma (5-10 gånger hattsvamparnas genomsnitt).

Min stora ambition för framtiden är att bridda ut min forskning och studera de ganska många andra arter på många olika platser i svamparnes utvicklingsträd närmare, som har vist tecken på att inte ha en helt så säker ekologi som lärobökerne vanligvis beskriver - och förhoppningsvis avslöja mer av förklaringen på, varför så många svampar är så förvånande dynamiska och tillpassningsduktiga.

Journal Publications (peer-reviewed):

Harder, C.B., and Aanen, D.K. (2009):"Unilateral nuclear migration in Basidiomycetes: Pheromone interaction, genomic conflicts and mating type reversion”. Fungal Biology Reviews23 (1-2), pp. 48 – 54.

Harder, C.B., Læssøe, T., Kjøller, R. and Frøslev, T.G. (2010):” A comparison between ITS phylogenetic relationships and morphological species recognition within Mycena sect. Calodontes in Northern Europe”, Mycological Progress 9, pp. 395-405.

Harder, C. B., Lodge, D. J., Petersen, R. H., Hughes, K. W., Blanco, J. C., Frøslev, T. G. and Læssøe, T. (2012): Amyloidity is not diagnostic for species in the Mycena pearsoniana complex (Mycena sectio Calodontes). Mycological Progress 11, pp. 725-32.

Harder, C.B., Læssøe, T., Frøslev, T.G, Ekelund, F., Rosendahl, S., and Kjøller, R. (2013):A three-gene phylogeny of the Mycena pura complex reveals 11 phylogenetic species and shows ITS to be unreliable for species identification. Fungal Biology 117(11), 764-75.

Harder, C.B., Karpov, S.A. and Ekelund, F. (2014):“Ultrastructure, molecular phylogeny and taxonomy of bicosoecids (Heterokonta) with new taxa descriptions Regin rotiferus gen. et sp. nov. and Otto terricolus gen. et sp. nov.” Protist, 165(2), 144-160.

Albers, C.N., Ellegaard-Jensen, L., Harder, C.B., Rosendahl, S., Knudsen,B.E., Ekelund, F., Aamand, J.(2015) :Groundwater chemistry determines the prokaryotic communty structure of waterworks sand filters. Environmental Science & Technology 49, 839-46.

Ekelund, F.; Harder, C. B.; Knudsen, B. E.; Aamand, J (2015). Aminobacter MSH1-mineralisation of BAM in Sand-Filters Depends on Biological Diversity. PLoS One 10 (6), e0128838.

Harder C.B., Rønn, R. Brejnrod A., Bass, D. al-Soud, A, and Ekelund, F.(2016).: Local diversity of heathland Cercozoa explored by in-depth sequencing. The ISME journal,doi:10.1038/ismej.2016.31.

Andersen, S. C., Kiil, K., Harder, C. B., Josefsen, M. H., Persson, S., Nielsen, E. M., & Hoorfar, J. (2017). Towards diagnostic metagenomics of Campylobacter in fecal samples. BMC microbiology, 17(1), 133.

Frølund, M., Wikström, A., Lidbrink, P., Abu Al-Soud, W., Larsen, N., Harder, C.B., et al. (2018) The bacterial microbiota in first-void urine from men with and without idiopathic urethritis. PLoS ONE 13(7): e0201380. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0201380

Zamora JC, Svensson M, Kirschner R, Olariaga I, Ryman S, ..... Harder, C.B., et al. (+300 coauthors) (2018) Considerations and consequences of allowing DNA sequence data as types of fungal taxa. IMA Fungus 9: 167–175.

Harder, C.B., Albers, C.N., Rosendahl, S., Aamand, J., Ellegaard-Jensen, L.,Ekelund, F (2019). Successional trophic complexity and biogeographical structure of eukaryotic communities in waterworks rapid sand filters. FEMS Microbiology Ecology 95 (11).

Thoen, E, Harder, C.B., Kauserud, H, Botnen, S.,Vik, U, Taylor, AFS, Menkis, A, Skrede, I (2020) In vitro evidence of root colonization suggests ecological versatility in the genus Mycena. New Phytologist (Pub. online March 2020, https://doi.org/10.1111/nph.16545).

Gorczak, M., Pawlowska, J., ....Harder, C.B., Siedlicki, I. (14 coauthors) 18th Congress of European Mycologists Bioblitz 2019 – Naturalists contribute to the mycobiota and lichenobiota of Białowieża Primeval Forest (Acta Mycologica, in press).

Papers in review/under consideration:

Tanner, A.R., Parry, L.A., Hetherington, A.J., Harder, C.B.; James; SK., Kupriyanova, E.K., Sun, Y, Pisani, D., Vinther, J. Earthworm origins coincide with global ecosystem turnover and the retreat of Palaeozoic coal-forming forests. Reject-resubmit at Geobiology (late 2019).

Kaur, J., Harder, C.B., Sharma, J. Endophytic bacterial communities of congeneric temperate orchids are distinct and uncoupled from soil, but linked to host phenology and population size. Presently for reconsideration in Molecular Ecology.

Conference papers/presentations:

Harder, C.B., Aanen, D.K.: ”Einseitige Kernwanderung: Bemerkenswerte Abweichungen des gewönhlichen Paarungsmusters in Basidienpilzen” (Unilateral nuclear migration in Basidiomycetes). Oral presentation (in German) at Tagung der deutschen mykologischen Gesellschaft, 2006, Tübingen, Germany.

Harder, C.B., Læssøe, T., Kjøller, R. Frøslev, T.G.:” Towards an unravelling of the Mycena pura complex”, XVth Congress of European Mycologists 2007, Saint Petersburg, Russia.

Harder, C.B., Albers, C. N., Rosendahl, S., Aamand, J., Ellegaard-Jensen, L.,Ekelund, F.,: ”The Artificial Lake Bottoms on Water Treatment Plants" - The eukaryotic microfauna analysed by 454/Pyrosequencing”. Oral presentation at the Spring Conference 2013 in British Society for Protist Biology, London, England.

Harder, C.B., Thoen, E., Botnen, S., Skrede, I., Hess, J.,, Kohler, A., Morin, E., Miyauchi, S.,Igor Grigoriev, I., Barry, K., Kuo,A. LaButti, K. Lipzen, A., Niskanen, T.,von Bonsdorff, T., Dima, B.,Weitz, H., Hesling, E., Jarvis, S., Hobbie, E., Taylor, A.F.S., Martin, F., Kauserud, H. Mycena - hidden opportunistic biotrophs. Presentation at IMC11 (Conference of the International Mycological Association), Puerto Rico, July 2018.

Harder, C.B., Cook, K,Taylor, A.D., Taylor, D.L., Sharma, J. "Low mycorrhizal fungal specificity of epiphytic orchids in a Neotropical rainforest". Presentation at the 18th congress of European Mycologists (XVIIICEM), Warzaw/Bialowieza, Poland.

Kaur, J., Harder, C. B., & Sharma, J. Characterization of endophytic bacterial communities in congeneric temperate orchids with soil, host phenology and population size as the predictors. In 2020 ESA Annual Meeting (August 3-6). ESA.


Poster presentations:

Harder, C.B., Læssøe, T., Kjøller, R. og Frøslev, T.G.:” Towards an unravelling of the Mycena pura (Prunulus purus) complex”, Annual scientific meeting of the British Mycological Society 2007.

Ellegaard-Jensen, L., Albers, C. N., Harder, C. B., Rosendahl, S., Knudsen, B. E., Ekelund, F., & Aamand, J.. The prokaryotic community structures of waterworks sand filters are shaped by groundwater chemistry. 9th Annual Meeting of Danish Water forum, Copenhagen, Danmark, 2015.

Thoen, E., Harder, C.B., Skrede, I., Menkis, A., Kauserud, H. The ubiquitous Mycenas - purely saprotrophs or potential plant root symbionts? Ecology of Soil Microorganisms, Helsinki, May 2018.

Thoen, E., Harder, C.B., Skrede, I., Menkis, A., Kauserud, H. The ubiquitous Mycenas - purely saprotrophs or potential plant root symbionts? IMC11 (Conference of the International Mycological Association), Puerto Rico, July 2018.

Kuo, A., LaButti, K., Harder, C.B., Thoen, E, Taylor, A.F.S, Kauserud, H., Martin, F., Grigoriev, I. :The Bonnets (Mycena sp.): small mushrooms with big genomes. 30th Fungal Genetics Conference, Pacific Grove, March 2019.

Cook, K,. Harder, C.B., Taylor, A.D., Taylor, D.L., Sharma, J. Small scale spatial distribution of orchid mycorrhizal fungi in a tropical tree canopy. 10h International Conference on Mycorrhiza (ICOM 10) Mérida, Yucatán, Mexico, June 2019.

Popular Publications Without Peer -Review:

Harder, C.B. (2006):”Svampenes hemmelige sexliv”(“The secret sex life of Fungi”, in Danish). Kaskelot 160, pp. 9-12.

Geldmann, J., Harder, C. B., Rahbek, C., Harder, P., & Jensen, K. S. (2010). Naturens tilstand i Danmark (”State of the Danish nature”)

Harder, C.B. (2018): " Biolog: Det kan vi lære af Norges erfaringer med ulve." (What Denmark can learn from Norway´s experience with reintroduction of Wolves). Altinget (Danish online newspaper - op-ed March 5th 2018).

Harder, C.B. (2018): "Hykleriet fylder for meget i ulvedebatten"(Hypocrisy abounds in the debate about wolves), Altinget (Danish online newspaper - op-ed March 19th 2018).

Harder, C.B. (2020): Hvorfor invaderer fredelige, trænedbrydende huesvampe pludselig levende planterødder?. (Why do seemingly peaceful wood-decaying Mycena fungi suddenly invade living plant roots?) Carlsberg Foundation annual report, 2020, chapter 12.

Forskning

Senaste forskningsoutput

Christoffer Bugge Harder, Christian Nyrop Albers, Søren Rosendahl, Jens Aamand, Lea Ellegaard-Jensen & Flemming Ekelund, 2019 okt 17, I : FEMS Microbiology Ecology. 95, 11, 13 s., fiz148.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Maria Frølund, Arne Wikström, Peter Lidbrink, Waleed Abu Al-Soud, Niels Larsen, Christoffer Bugge Harder, Søren Johannes Sørensen, Jørgen Skov Jensen & Peter Ahrens, 2018, I : PLoS ONE. 13, 7, s. e0201380 19 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Sandra Christine Andersen, Kristoffer Kiil, Christoffer Bugge Harder, Mathilde Hasseldam Josefsen, Søren Persson, Eva Møller Nielsen & Jeffrey Hoorfar, 2017 jun 8, I : BMC Microbiology. 17, 8 s., 133.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Visa alla (11)