Johan Staaf

Universitetslektor, Docent, Docent, Doktor, Magisterexamen, Civilingenjör

Forskningsområden

Ämnesklassifikation (UKÄ)

  • Cancer och onkologi
  • Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Nyckelord

  • Lungcancer och bröstcancer, biomarkörer, genomisk karakterisering, Bioinformatik, NGS, genexpression, metylering, diagnostik, prediktion, prognostik, trippelnegativ bröstcancer, NSCLC

Forskning

Lungcancer är en vanlig tumörsjukdom där behandlingsresultaten är dåliga. Lungcancer är därför den cancerform som skördar flest liv i Sverige och globalt. Rökning är den starkaste riskfaktorn för lungcancer men 10-15% av patienterna har aldrig rökt. Lungcancer är en heterogen sjukdom på molekylär nivå.

För att förbättra diagnostiken, behandlingen och prognosen i lungcancer behövs en bättre förståelse av tumörspecifika förändringar och egenskaper i olika grupper av lungcancer. I vår forskning undersöks sambandet mellan tumörsjukdomens utveckling/prognos och tumörens DNA, RNA och protein mönster.

Genom studier av olika mönster av genomiska förändringar i subgrupper av lungcancer vill vi identifiera och beskriva förändringar som kan vara relaterade till sjukdomsspridning och identifiera grupper av patienter med bättre eller sämre prognos. Vidare avser vi utveckla nya molekylära metoder för förbättrad diagnostik av lungcancer med förhoppningen om att bland annat kunna diagnosticera lungcancer i ett tidigare operabelt sjukdomsskede, bättre kunna följa effekten av behandling, samt detektera återfall i ett tidigare skede. 

Forskning

Bröstcancer är den vanligaste cancersjukdomen hos kvinnor, med förbättrad överlevnad idag jämfört med 20-30 år sedan på grund av modern diagnostik, kirurgi och terapi. Men för specifika subgrupper av bröstcancer är prognosen inte lika ljus. En sådan subgrupp är s.k. trippelnegativ bröstcancer (TNBC, tumörerna är hormonreceptor, och HER2-negativa) motsvarandes ca 10% av alla fall. För dessa patienter finns det idag inga etablerade målstyrda terapier utan enbart kemoterapi. TNBC tumörer karakteriseras av en hög andel tumörer med skador i DNA reparationsmaskineriet, samt ett, sannolikt därigenom, kraftigt förändrat tumörgenom. Dessa genetiska förändringar kan paradoxalt ligga till grund för nya behandlingsmöjligheter kopplat till just DNA reparation, men även immunterapi baserat på förekomsten av s.k. neoantigen peptider orsakade av mutationer.

I detta forskningsprojekt avser vi att:

1) Karakterisera det molekylära landskapet i TNBC på DNA, RNA och proteinnivå. Detta gör vi genom bred molekylär profilering via exempelvis helgenomssekvensering.

2) Söka efter nya markörer för DNA reparationsdefekter i TNBC baserat på bred DNA, RNA, epigenetisk och protein analys (s.k. proteogenomik).

3) Karakterisera det immunogeniska landskapet i TNBC via integration av molekylär data med in situ och morfologisk data från exempelvis IHC analyser.

4) Definiera nya molekylära undergrupper av TNBC baserat på avancerad bioinformatisk dataintegration av många olika -omic data lager.

Vi gör dessa analyser i ett mycket väl molekylärt karakteriserat kliniskt populations-baserat material av patienter från SCAN-B studien som ökar möjligheterna att integrera proteindata med annan tumör genomisk data. Förhoppningen är att dessa analyser kan identifiera nya värdefulla kliniska markörer eller möjligen även mål för behandling. Sammantaget är förbättrade behandlingsprediktiva markörer för systemiska behandlingar i TNBC av stort kliniskt värde för många patienter som i dagsläget är exkluderade från målstyrd behandling.

Utvald forskningsoutput

Staaf, J., Glodzik, D., Bosch, A., Vallon-Christersson, J., Reuterswärd, C., Häkkinen, J., Degasperi, A., Amarante, T. D., Saal, L. H., Hegardt, C., Stobart, H., Ehinger, A., Larsson, C., Rydén, L., Loman, N., Malmberg, M., Kvist, A., Ehrencrona, H., Davies, H. R., Borg, Å. & 1 andra, Nik-Zainal, S., 2019, I : Nature Medicine. 25, s. 1526–1533

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Nik-Zainal, S., Davies, H., Staaf, J., Ramakrishna, M., Glodzik, D., Zou, X., Martincorena, I., Alexandrov, L. B., Martin, S., Wedge, D. C., Van Loo, P., Ju, Y. S., Smid, M., Brinkman, A. B., Morganella, S., Aure, M. R., Lingjærde, O. C., Langerød, A., Ringnér, M., Ahn, S-M. & 68 andra, Boyault, S., Brock, J. E., Broeks, A., Butler, A., Desmedt, C., Dirix, L., Dronov, S., Fatima, A., Foekens, J. A., Gerstung, M., Hooijer, G. K. J., Jang, S. J., Jones, D. R., Kim, H-Y., King, T. A., Krishnamurthy, S., Lee, H. J., Lee, J-Y., Li, Y., McLaren, S., Menzies, A., Mustonen, V., O'Meara, S., Pauporté, I., Pivot, X., Purdie, C. A., Raine, K., Ramakrishnan, K., Rodríguez-González, F. G., Romieu, G., Sieuwerts, A. M., Simpson, P. T., Shepherd, R., Stebbings, L., Stefansson, O. A., Teague, J., Tommasi, S., Treilleux, I., Van den Eynden, G. G., Vermeulen, P., Vincent-Salomon, A., Yates, L., Caldas, C., van't Veer, L., Tutt, A., Knappskog, S., Tan, B. K. T., Jonkers, J., Åke Borg, Ueno, N. T., Sotiriou, C., Viari, A., Futreal, P. A., Campbell, P. J., Span, P. N., Van Laere, S., Lakhani, S. R., Eyfjord, J. E., Thompson, A. M., Birney, E., Stunnenberg, H. G., van de Vijver, M. J., Martens, J. W. M., Børresen-Dale, A-L., Richardson, A. L., Kong, G., Thomas, G. & Stratton, M. R., 2016 jun 2, I : Nature. 534, 7605, s. 47-54 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Anna Karlsson, Hans Brunnström, Micke, P., Srinivas Veerla, Mattsson, J. M., La Fleur, L., Botling, J., Mats Jönsson, Reuterswärd, C., Maria Planck & Johan Staaf, 2017, I : Journal of Thoracic Oncology. 12, 8, s. 1257-1267

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Anna Karlsson, Helena Cirenajwis, Ericson-Lindquist, K., Hans Brunnström, Reuterswärd, C., Mats Jönsson, Ortiz-Villalón, C., Hussein, A., Bergman, B., Vikström, A., Monsef, N., Branden, E., Koyi, H., de Petris, L., Micke, P., Patthey, A., Behndig, A. F., Johansson, M., Maria Planck & Johan Staaf, 2019 mar 26, I : Scientific Reports. 9, 1, 5207.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Brinkman, A. B., Nik-Zainal, S., Simmer, F., Rodríguez-González, F. G., Smid, M., Alexandrov, L. B., Butler, A., Martin, S., Davies, H., Glodzik, D., Zou, X., Ramakrishna, M., Staaf, J., Ringnér, M., Sieuwerts, A., Ferrari, A., Morganella, S., Fleischer, T., Kristensen, V., Gut, M. & 9 andra, van de Vijver, M. J., Børresen-Dale, A. L., Richardson, A. L., Thomas, G., Gut, I. G., Martens, J. W. M., Foekens, J. A., Stratton, M. R. & Stunnenberg, H. G., 2019 apr 15, I : Nature Communications. 10, 1, 1749.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Karlsson, A. K., Markus Ringnér, Martin Lauss, Botling, J., Micke, P., Maria Planck & Johan Staaf, 2014, I : Clinical Cancer Research. 20, 18, s. 4912-4924

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Davies, H. R., Glodzik, D., Morganella, S., Yates, L. R., Staaf, J., Zou, X., Ramakrishna, M., Martin, S., Boyault, S., Sieuwerts, A. M., Simpson, P. T., King, T. A., Raine, K., Eyfjord, J. E., Kong, G., Borg, Å., Birney, E., Stunnenberg, H. G., van de Vijver, M. J., Børresen-Dale, A-L. & 13 andra, Martens, J. W. M., Span, P. N., Lakhani, S. R., Vincent-Salomon, A., Sotiriou, C., Tutt, A., Thompson, A. M., Van Laere, S., Richardson, A. L., Viari, A., Campbell, P. J., Stratton, M. R. & Nik-Zainal, S., 2017 apr, I : Nature Medicine. 23, 4, s. 517-525 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Glodzik, D., Morganella, S., Davies, H. R., Simpson, P. T., Li, Y., Zou, X., Diez-Perez, J., Staaf, J., Alexandrov, L. B., Smid, M., Brinkman, A. B., Rye, I. H., Russnes, H., Raine, K., Purdie, C. A., Lakhani, S. R., Thompson, A. M., Birney, E., Stunnenberg, H. G., van de Vijver, M. J. & 10 andra, Martens, J. W. M., Børresen-Dale, A-L., Richardson, A. L., Kong, G., Viari, A., Easton, D., Evan, G., Campbell, P. J., Stratton, M. R. & Nik-Zainal, S., 2017 mar 1, I : Nature Genetics. 49, 3, s. 341-348 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Visa alla (123)