Johan Staaf

Universitetslektor, Docent, Docent, Doktor, Magisterexamen, Civilingenjör

Forskningsområden

Ämnesklassifikation (UKÄ)

  • Cancer och onkologi
  • Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Nyckelord

  • Lungcancer och bröstcancer, biomarkörer, genomisk karakterisering, Bioinformatik, NGS, genexpression, metylering, diagnostik, prediktion, prognostik, trippelnegativ bröstcancer, NSCLC

Forskning

Lungcancer är en vanlig tumörsjukdom där behandlingsresultaten är dåliga. Lungcancer är därför den cancerform som skördar flest liv i Sverige och globalt. Rökning är den starkaste riskfaktorn för lungcancer men 10-15% av patienterna har aldrig rökt. Lungcancer är en heterogen sjukdom på molekylär nivå.

För att förbättra diagnostiken, behandlingen och prognosen i lungcancer behövs en bättre förståelse av tumörspecifika förändringar och egenskaper i olika grupper av lungcancer. I vår forskning undersöks sambandet mellan tumörsjukdomens utveckling/prognos och tumörens DNA, RNA och protein mönster.

Genom studier av olika mönster av genomiska förändringar i subgrupper av lungcancer vill vi identifiera och beskriva förändringar som kan vara relaterade till sjukdomsspridning och identifiera grupper av patienter med bättre eller sämre prognos. Vidare avser vi utveckla nya molekylära metoder för förbättrad diagnostik av lungcancer med förhoppningen om att bland annat kunna diagnosticera lungcancer i ett tidigare operabelt sjukdomsskede, bättre kunna följa effekten av behandling, samt detektera återfall i ett tidigare skede. 

Forskning

Bröstcancer är den vanligaste cancersjukdomen hos kvinnor, med förbättrad överlevnad idag jämfört med 20-30 år sedan på grund av modern diagnostik, kirurgi och terapi. Men för specifika subgrupper av bröstcancer är prognosen inte lika ljus. En sådan subgrupp är s.k. trippelnegativ bröstcancer (TNBC, tumörerna är hormonreceptor, och HER2-negativa) motsvarandes ca 10% av alla fall. För dessa patienter finns det idag inga etablerade målstyrda terapier utan enbart kemoterapi. TNBC tumörer karakteriseras av en hög andel tumörer med skador i DNA reparationsmaskineriet, samt ett, sannolikt därigenom, kraftigt förändrat tumörgenom. Dessa genetiska förändringar kan paradoxalt ligga till grund för nya behandlingsmöjligheter kopplat till just DNA reparation, men även immunterapi baserat på förekomsten av s.k. neoantigen peptider orsakade av mutationer.

I detta forskningsprojekt avser vi att:

1) Karakterisera det molekylära landskapet i TNBC på DNA, RNA och proteinnivå. Detta gör vi genom bred molekylär profilering via exempelvis helgenomssekvensering.

2) Söka efter nya markörer för DNA reparationsdefekter i TNBC baserat på bred DNA, RNA, epigenetisk och protein analys (s.k. proteogenomik).

3) Karakterisera det immunogeniska landskapet i TNBC via integration av molekylär data med in situ och morfologisk data från exempelvis IHC analyser.

4) Definiera nya molekylära undergrupper av TNBC baserat på avancerad bioinformatisk dataintegration av många olika -omic data lager.

Vi gör dessa analyser i ett mycket väl molekylärt karakteriserat kliniskt populations-baserat material av patienter från SCAN-B studien som ökar möjligheterna att integrera proteindata med annan tumör genomisk data. Förhoppningen är att dessa analyser kan identifiera nya värdefulla kliniska markörer eller möjligen även mål för behandling. Sammantaget är förbättrade behandlingsprediktiva markörer för systemiska behandlingar i TNBC av stort kliniskt värde för många patienter som i dagsläget är exkluderade från målstyrd behandling.

 

Baserat  på TNBC resultat kommer vi fortsätta med att karakterisera DNA reparationsdefekter  även  i ER+  / HER2-negativ bröstcancer vilket utgör den största subgruppen av sjukdomen. För detta  kommer  vi använda  liknande tekniker.

Utvald forskningsoutput

Johan Staaf, Dominik Glodzik, Ana Bosch, Johan Vallon-Christersson, Christel Reuterswärd, Jari Häkkinen, Andrea Degasperi, Tauanne Dias Amarante, Lao H Saal, Cecilia Hegardt, Hilary Stobart, Anna Ehinger, Christer Larsson, Lisa Rydén, Niklas Loman, Martin Malmberg, Anders Kvist, Hans Ehrencrona, Helen R Davies, Åke Borg & 1 andra, Serena Nik-Zainal, 2019, I: Nature Medicine. 25, s. 1526–1533

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Serena Nik-Zainal, Helen Davies, Johan Staaf, Manasa Ramakrishna, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Inigo Martincorena, Ludmil B Alexandrov, Sancha Martin, David C Wedge, Peter Van Loo, Young Seok Ju, Marcel Smid, Arie B Brinkman, Sandro Morganella, Miriam R Aure, Ole Christian Lingjærde, Anita Langerød, Markus Ringnér, Sung-Min Ahn & 68 andra, Sandrine Boyault, Jane E Brock, Annegien Broeks, Adam Butler, Christine Desmedt, Luc Dirix, Serge Dronov, Aquila Fatima, John A Foekens, Moritz Gerstung, Gerrit K J Hooijer, Se Jin Jang, David R Jones, Hyung-Yong Kim, Tari A King, Savitri Krishnamurthy, Hee Jin Lee, Jeong-Yeon Lee, Yilong Li, Stuart McLaren, Andrew Menzies, Ville Mustonen, Sarah O'Meara, Iris Pauporté, Xavier Pivot, Colin A Purdie, Keiran Raine, Kamna Ramakrishnan, F Germán Rodríguez-González, Gilles Romieu, Anieta M Sieuwerts, Peter T Simpson, Rebecca Shepherd, Lucy Stebbings, Olafur A Stefansson, Jon Teague, Stefania Tommasi, Isabelle Treilleux, Gert G Van den Eynden, Peter Vermeulen, Anne Vincent-Salomon, Lucy Yates, Carlos Caldas, Laura van't Veer, Andrew Tutt, Stian Knappskog, Benita Kiat Tee Tan, Jos Jonkers, Åke Borg, Naoto T Ueno, Christos Sotiriou, Alain Viari, P Andrew Futreal, Peter J Campbell, Paul N Span, Steven Van Laere, Sunil R Lakhani, Jorunn E Eyfjord, Alastair M Thompson, Ewan Birney, Hendrik G Stunnenberg, Marc J van de Vijver, John W M Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L Richardson, Gu Kong, Gilles Thomas & Michael R Stratton, 2016 jun 2, I: Nature. 534, 7605, s. 47-54 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Anna Karlsson, Hans Brunnström, Patrick Micke, Srinivas Veerla, Johanna M Mattsson, Linnea La Fleur, Johan Botling, Mats Jönsson, Christel Reuterswärd, Maria Planck & Johan Staaf, 2017, I: Journal of Thoracic Oncology. 12, 8, s. 1257-1267

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Johan Vallon-Christersson, Jari Häkkinen, Cecilia Hegardt, Lao Saal, Christer Larsson, Anna Ehinger, H Lindman, Helena Olofsson, Tobias Sjoblom, Fredrik Wärnberg, Lisa Rydén, Niklas Loman, Martin Malmberg, Åke Borg & Johan Staaf, 2019 aug 21, I: Scientific Reports. 9, 12184.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Anna Karlsson, Helena Cirenajwis, Kajsa Ericson-Lindquist, Hans Brunnström, Christel Reuterswärd, Mats Jönsson, Cristian Ortiz-Villalón, Aziz Hussein, Bengt Bergman, Anders Vikström, Nastaran Monsef, Eva Branden, Hirsh Koyi, Luigi de Petris, Patrick Micke, Annika Patthey, Annelie F. Behndig, Mikael Johansson, Maria Planck & Johan Staaf, 2019 mar 26, I: Scientific Reports. 9, 1, 5207.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Arie B. Brinkman, Serena Nik-Zainal, Femke Simmer, F. Germán Rodríguez-González, Marcel Smid, Ludmil B. Alexandrov, Adam Butler, Sancha Martin, Helen Davies, Dominik Glodzik, Xueqing Zou, Manasa Ramakrishna, Johan Staaf, Markus Ringnér, Anieta Sieuwerts, Anthony Ferrari, Sandro Morganella, Thomas Fleischer, Vessela Kristensen, Marta Gut & 9 andra, Marc J. van de Vijver, Anne Lise Børresen-Dale, Andrea L. Richardson, Gilles Thomas, Ivo G. Gut, John W.M. Martens, John A. Foekens, Michael R. Stratton & Hendrik G. Stunnenberg, 2019 apr 15, I: Nature Communications. 10, 1, 1749.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Anna K Karlsson, Markus Ringnér, Martin Lauss, Johan Botling, Patrick Micke, Maria Planck & Johan Staaf, 2014, I: Clinical Cancer Research. 20, 18, s. 4912-4924

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Helen R. Davies, Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Lucy R. Yates, Johan Staaf, Xueqing Zou, Manasa Ramakrishna, Sancha Martin, Sandrine Boyault, Anieta M. Sieuwerts, Peter T Simpson, Tari A King, Keiran Raine, Jorunn E. Eyfjord, Gu Kong, Åke Borg, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Marc J van de Vijver, Anne-Lise Børresen-Dale & 13 andra, John W. M. Martens, Paul N. Span, Sunil R. Lakhani, Anne Vincent-Salomon, Christos Sotiriou, Andrew Tutt, Alastair M Thompson, Steven Van Laere, Andrea L. Richardson, Alain Viari, Peter J. Campbell, Michael R. Stratton & Serena Nik-Zainal, 2017 apr, I: Nature Medicine. 23, 4, s. 517-525 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Dominik Glodzik, Sandro Morganella, Helen R. Davies, Peter T Simpson, Yilong Li, Xueqing Zou, Javier Diez-Perez, Johan Staaf, Ludmil B. Alexandrov, Marcel Smid, Arie B Brinkman, Inga Hansine Rye, Hege Russnes, Keiran Raine, Colin A Purdie, Sunil R. Lakhani, Alastair M Thompson, Ewan Birney, Hendrik G. Stunnenberg, Marc J van de Vijver & 10 andra, John W M Martens, Anne-Lise Børresen-Dale, Andrea L. Richardson, Gu Kong, Alain Viari, Douglas Easton, Gerard Evan, Peter J. Campbell, Michael R. Stratton & Serena Nik-Zainal, 2017 mar 1, I: Nature Genetics. 49, 3, s. 341-348 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Visa alla (139)