Markus Ringnér

Bioinformatiker, Docent
Fler filtreringsmöjligheter
  1. 2019
  2. Partially methylated domains are hypervariable in breast cancer and fuel widespread CpG island hypermethylation

    Brinkman, A. B., Nik-Zainal, S., Simmer, F., Rodríguez-González, F. G., Smid, M., Alexandrov, L. B., Butler, A., Martin, S., Davies, H., Glodzik, D., Zou, X., Ramakrishna, M., Staaf, J., Ringnér, M., Sieuwerts, A., Ferrari, A., Morganella, S., Fleischer, T., Kristensen, V., Gut, M. & 9 andravan de Vijver, M. J., Børresen-Dale, A. L., Richardson, A. L., Thomas, G., Gut, I. G., Martens, J. W. M., Foekens, J. A., Stratton, M. R. & Stunnenberg, H. G., 2019 apr 15, I : Nature Communications. 10, 1, 1749.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  3. 2018
  4. A comprehensive map coupling histone modifications with gene regulation in adult dopaminergic and serotonergic neurons

    Södersten, E., Toskas, K., Rraklli, V., Tiklova, K., Björklund, Å. K., Markus Ringnér, Perlmann, T. & Holmberg, J., 2018 mar 26, I : Nature Communications. 9, 1, 1226.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  5. 2017
  6. Mutational and putative neoantigen load predict clinical benefit of adoptive T cell therapy in melanoma

    Martin Lauss, Donia, M., Katja Harbst, Andersen, R., Shamik Mitra, Rosengren, F., Salim, M., Johan Vallon-Christersson, Therese Törngren, Anders Kvist, Markus Ringnér, Svane, I. M. & Göran Jönsson, 2017 dec 1, I : Nature Communications. 8, 1, 1738.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  7. 2016
  8. Breast cancer genome and transcriptome integration implicates specific mutational signatures with immune cell infiltration

    Smid, M., Rodríguez-González, F. G., Sieuwerts, A. M., Salgado, R., Prager-Van der Smissen, W. J. C., Vlugt-Daane, M. V. D., van Galen, A., Nik-Zainal, S., Staaf, J., Brinkman, A. B., van de Vijver, M. J., Richardson, A. L., Fatima, A., Berentsen, K., Butler, A., Martin, S., Davies, H. R., Debets, R., Gelder, M. E. M-V., van Deurzen, C. H. M. & 27 andraMacGrogan, G., Van den Eynden, G. G. G. M., Purdie, C., Thompson, A. M., Caldas, C., Span, P. N., Simpson, P. T., Lakhani, S. R., Van Laere, S., Desmedt, C., Markus Ringnér, Tommasi, S., Eyford, J., Broeks, A., Vincent-Salomon, A., Futreal, P. A., Knappskog, S., King, T., Thomas, G., Viari, A., Langerød, A., Børresen-Dale, A-L., Birney, E., Stunnenberg, H. G., Stratton, M., Foekens, J. A. & Martens, J. W. M., 2016 sep 27, I : Nature Communications. 7, 12910.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  9. Consensus of gene expression phenotypes and prognostic risk predictors in primary lung adenocarcinoma

    Markus Ringnér & Johan Staaf, 2016 jul 16, I : Oncotarget. 7, 33, s. 52957-52973 17 s.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  10. Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences

    Nik-Zainal, S., Davies, H., Staaf, J., Ramakrishna, M., Glodzik, D., Zou, X., Martincorena, I., Alexandrov, L. B., Martin, S., Wedge, D. C., Van Loo, P., Ju, Y. S., Smid, M., Brinkman, A. B., Morganella, S., Aure, M. R., Lingjærde, O. C., Langerød, A., Ringnér, M., Ahn, S-M. & 68 andraBoyault, S., Brock, J. E., Broeks, A., Butler, A., Desmedt, C., Dirix, L., Dronov, S., Fatima, A., Foekens, J. A., Gerstung, M., Hooijer, G. K. J., Jang, S. J., Jones, D. R., Kim, H-Y., King, T. A., Krishnamurthy, S., Lee, H. J., Lee, J-Y., Li, Y., McLaren, S., Menzies, A., Mustonen, V., O'Meara, S., Pauporté, I., Pivot, X., Purdie, C. A., Raine, K., Ramakrishnan, K., Rodríguez-González, F. G., Romieu, G., Sieuwerts, A. M., Simpson, P. T., Shepherd, R., Stebbings, L., Stefansson, O. A., Teague, J., Tommasi, S., Treilleux, I., Van den Eynden, G. G., Vermeulen, P., Vincent-Salomon, A., Yates, L., Caldas, C., van't Veer, L., Tutt, A., Knappskog, S., Tan, B. K. T., Jonkers, J., Åke Borg, Ueno, N. T., Sotiriou, C., Viari, A., Futreal, P. A., Campbell, P. J., Span, P. N., Van Laere, S., Lakhani, S. R., Eyfjord, J. E., Thompson, A. M., Birney, E., Stunnenberg, H. G., van de Vijver, M. J., Martens, J. W. M., Børresen-Dale, A-L., Richardson, A. L., Kong, G., Thomas, G. & Stratton, M. R., 2016 jun 2, I : Nature. 534, 7605, s. 47-54 8 s.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  11. 2015
  12. DNA methylation and histone modifications regulate SOX11 expression in lymphoid and solid cancer cells.

    Nordström, L., Andersson, E., Kuci, V., Gustavsson, E., Karolina Holm, Markus Ringnér, Guldberg, P. & Ek, S., 2015, I : BMC Cancer. 15, 1, 273.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  13. DNA methylation subgroups in melanoma are associated with proliferative and immunological processes.

    Martin Lauss, Markus Ringnér, Anna F Karlsson, Katja Harbst, Busch, C., Geisler, J., Lønning, P. E., Johan Staaf & Göran B Jönsson, 2015, I : BMC Medical Genomics. 8, 1, 73.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  14. Genome methylation patterns in male breast cancer - Identification of an epitype with hypermethylation of polycomb target genes.

    Johansson, I., Martin Lauss, Karolina Holm, Johan Staaf, Nilsson, C., Fjällskog, M-L., Markus Ringnér & Ingrid Hedenfalk, 2015, I : Molecular Oncology. 9, 8, s. 1565-1579

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  15. Genome-Wide DNA Methylation Analysis in Melanoma Reveals the Importance of CpG Methylation in MITF Regulation.

    Martin Lauss, Haq, R., Helena Cirenajwis, Bengt Phung, Katja Harbst, Johan Staaf, Rosengren, F., Karolina Holm, Mattias Aine, Karin Jirström, Åke Borg, Busch, C., Geisler, J., Eystein Lønning, P., Markus Ringnér, Jillian Howlin, Fisher, D. & Göran B Jönsson, 2015, I : Journal of Investigative Dermatology. 135, 7, s. 1820-1828

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  16. Making breast cancer molecular subtypes robust?

    Johan Staaf & Markus Ringnér, 2015, I : Journal of the National Cancer Institute. 107, 1, s. dju386

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragDebate/Note/Editorial

  17. MicroRNA-200c-141 and ∆Np63 are required for breast epithelial differentiation and branching morphogenesis.

    Hilmarsdóttir, B., Briem, E., Valgardur Sigurdsson, Franzdóttir, S. R., Markus Ringnér, Arason, A. J., Bergthorsson, J. T., Magnusson, M. K. & Gudjonsson, T., 2015, I : Developmental Biology. 403, 2, s. 150-161

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  18. 2014
  19. Genomic and transcriptional alterations in lung adenocarcinoma in relation to smoking history.

    Karlsson, A. K., Markus Ringnér, Martin Lauss, Botling, J., Micke, P., Maria Planck & Johan Staaf, 2014, I : Clinical Cancer Research. 20, 18, s. 4912-4924

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  20. Primary Melanoma Tumors from CDKN2A Mutation Carriers do not Belong to a Distinct Molecular Subclass.

    Johan Staaf, Katja Harbst, Martin Lauss, Markus Ringnér, Måsbäck, A., Jillian Howlin, Karin Jirström, Harland, M., Zebary, A., Palmer, J. M., Christian Ingvar, Håkan Olsson, Newton-Bishop, J., Hansson, J., Hayward, N., Gruis, N. & Göran B Jönsson, 2014, I : Journal of Investigative Dermatology. 134, 12, s. 3000-3003

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  21. 2013
  22. Exosomes reflect the hypoxic status of glioma cells and mediate hypoxia-dependent activation of vascular cells during tumor development.

    Kucharzewska, P., Christianson, H., Welch, J., Svensson, K., Fredlund, E., Markus Ringnér, Mörgelin, M., Bourseau-Guilmain, E., Johan Bengzon & Mattias Belting, 2013, I : Proceedings of the National Academy of Sciences. 110, 18, s. 7312-7317

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  23. High expression of ZNF703 independent of amplification indicates worse prognosis in patients with luminal B breast cancer

    Reynisdottir, I., Arason, A., Einarsdottir, B., Gunnarsson, H., Johan Staaf, Johan Vallon-Christersson, Göran B Jönsson, Markus Ringnér, Agnarsson, B., Olafsdottir, K., Fagerholm, R., Einarsdottir, T., Johannesdottir, G., Johannsson, O. T., Nevanlinna, H., Åke Borg & Barkardottir, R., 2013, I : Cancer Medicine. 2, 4, s. 437-446

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  24. Monitoring of technical variation in quantitative high-throughput datasets.

    Martin Lauss, Visne, I., Kriegner, A., Markus Ringnér, Göran B Jönsson & Mattias Höglund, 2013, I : Cancer Informatics. 12, Sep 23, s. 193-201

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  25. Nonfamilial breast cancer subtypes.

    Markus Ringnér, Johan Staaf & Göran B Jönsson, 2013, I : Methods in Molecular Biology. 973, s. 279-295

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  26. The Landscape of Candidate Driver Genes Differs between Male and Female Breast Cancer.

    Johansson, I., Markus Ringnér & Ingrid Hedenfalk, 2013, I : PLoS ONE. 8, 10, e78299.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  27. 2012
  28. A Molecular Taxonomy for Urothelial Carcinoma.

    Gottfrid Sjödahl, Martin Lauss, Lövgren, K., Chebil, G., Gudjonsson, S., Veerla, S., Oliver Hultman Patschan, Mattias Aine, Mårten Fernö, Markus Ringnér, Wiking Månsson, Fredrik Liedberg, David Lindgren & Mattias Höglund, 2012, I : Clinical Cancer Research. 18, 12, s. 3377-3386

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  29. Gene expression profiling of primary male breast cancers reveals two unique subgroups and identifies N-acetyltransferase-1 (NAT1) as a novel prognostic biomarker

    Johansson, I., Nilsson, C., Berglund, P., Martin Lauss, Markus Ringnér, Håkan Olsson, Luts, L., Sim, E., Thorstensson, S., Fjallskog, M-L. & Ingrid Hedenfalk, 2012, I : Breast Cancer Research. 14, 1, R31.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  30. Global H3K27 trimethylation and EZH2 abundance in breast tumor subtypes.

    Karolina Holm, Grabau, D., Lövgren, K., Aradottir, S., Sofia Gruvberger, Jillian Howlin, Lao Saal, Ethier, S. P., Pär-Ola Bendahl, Stål, O., Per Malmström, Mårten Fernö, Lisa Rydén, Cecilia Hegardt, Åke Borg & Markus Ringnér, 2012, I : Molecular Oncology. 6, 5, s. 494-506

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  31. The gene expression landscape of breast cancer is shaped by tumor protein p53 status and epithelial-mesenchymal transition

    Fredlund, E., Johan Staaf, Rantala, J. K., Kallioniemi, O., Åke Borg & Markus Ringnér, 2012, I : Breast Cancer Research. 14, 4, R113.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  32. The retinoblastoma gene undergoes rearrangements in BRCA1-deficient basal-like breast cancer.

    Jönsson, G. B., Staaf, J., Vallon-Christersson, J., Ringnér, M., Gruvberger, S., Saal, L., Holm, K., Hegardt, C., Arason, A., Fagerholm, R., Olsson, C., Grabau, D., Johnsson, E., Lövgren, K., Magnusson, L., Heikkilä, P., Agnarsson, B. A., Johannsson, O. T., Malmström, P., Fernö, M. & 5 andraHåkan Olsson, Niklas Loman, Nevanlinna, H., Barkardottir, R. B. & Åke Borg, 2012, I : Cancer Research. 72, 16, s. 4028-4036

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  33. 2011
  34. Endothelial Induced EMT in Breast Epithelial Cells with Stem Cell Properties

    Sigurdsson, V., Hilmarsdottir, B., Sigmundsdottir, H., Fridriksdottir, A. J. R., Markus Ringnér, Villadsen, R., Åke Borg, Agnarsson, B. A., Petersen, O. W., Magnusson, M. K. & Gudjonsson, T., 2011, I : PLoS ONE. 6, 9, e23833.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  35. GOBO: Gene Expression-Based Outcome for Breast Cancer Online.

    Markus Ringnér, Fredlund, E., Jari Häkkinen, Åke Borg & Johan Staaf, 2011, I : PLoS ONE. 6, 3, e17911.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  36. High-resolution genomic profiling of male breast cancer reveals differences hidden behind the similarities with female breast cancer

    Johansson, I., Nilsson, C., Berglund, P., Carina Forsare, Göran B Jönsson, Johan Staaf, Markus Ringnér, Nevanlinna, H., Barkardottir, R. B., Åke Borg, Håkan Olsson, Luts, L., Fjallskog, M-L. & Ingrid Hedenfalk, 2011, I : Breast Cancer Research and Treatment. 129, 3, s. 747-760

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  37. 2010
  38. An integrative genomics screen uncovers ncRNA T-UCR functions in neuroblastoma tumours

    Mestdagh, P., Fredlund, E., Pattyn, F., Rihani, A., Van Maerken, T., Vermeulen, J., Kumps, C., Menten, B., De Preter, K., Schramm, A., Schulte, J., Noguera, R., Schleiermacher, G., Janoueix-Lerosey, I., Laureys, G., Powel, R., Nittner, D., Marine, J-C., Ringnér, M., Speleman, F. & 1 andraVandesompele, J., 2010, I : Oncogene. 29, 24, s. 3583-3592

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  39. Gene Expression Profiling-Based Identification of Molecular Subtypes in Stage IV Melanomas with Different Clinical Outcome.

    Göran B Jönsson, Busch, C., Knappskog, S., Geisler, J., Miletic, H., Markus Ringnér, Lillehaug, J. R., Åke Borg & Lonning, P. E., 2010, I : Clinical Cancer Research. 16, 13, s. 3356-3367

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  40. Genomic subtypes of breast cancer identified by array-comparative genomic hybridization display distinct molecular and clinical characteristics

    Jönsson, G. B., Staaf, J., Vallon-Christersson, J., Ringnér, M., Holm, K., Hegardt, C., Gunnarsson, H., Fagerholm, R., Forsare, C., Agnarsson, B. A., Kilpivaara, O., Luts, L., Heikkila, P., Aittomaki, K., Blomqvist, C., Loman, N., Malmström, P., Olsson, H., Johannsson, O. T., Arason, A. & 3 andraNevanlinna, H., Barkardottir, R. B. & Åke Borg, 2010, I : Breast Cancer Research. 12, 3, R42.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  41. High-resolution genomic and expression analyses of copy number alterations in HER2-amplified breast cancer

    Johan Staaf, Göran B Jönsson, Markus Ringnér, Johan Vallon-Christersson, Grabau, D., Arason, A., Gunnarsson, H., Agnarsson, B. A., Per Malmström, Johannsson, O. T., Niklas Loman, Barkardottir, R. B. & Åke Borg, 2010, I : Breast Cancer Research. 12, 3, R25.

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  42. Identification of Subtypes in Human Epidermal Growth Factor Receptor 2-Positive Breast Cancer Reveals a Gene Signature Prognostic of Outcome.

    Johan Staaf, Markus Ringnér, Johan Vallon-Christersson, Göran B Jönsson, Pär-Ola Bendahl, Karolina Holm, Arason, A., Gunnarsson, H., Cecilia Hegardt, Agnarsson, B. A., Luts, L., Grabau, D., Mårten Fernö, Per Malmström, Johannsson, O. T., Niklas Loman, Barkardottir, R. B. & Åke Borg, 2010, I : Journal of Clinical Oncology. 28, 11, s. 1813-1820

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

  43. 2008
  44. High Myc pathway activity and low stage of neuronal differentiation associate with poor outcome in neuroblastoma.

    Fredlund, E., Markus Ringnér, Maris, J. M. & Sven Påhlman, 2008, I : Proceedings of the National Academy of Sciences. 105, 37, s. 14094-14099

    Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikel i vetenskaplig tidskrift

Föregående 1 2 Nästa