National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS

Dag Ahrén (Manager),
Markus Ringnér (Manager),
Fredrik Levander (Manager),
Lokeshwaran Manoharan (Manager),
Nikolay Oskolkov (Manager),
Louella Judy Antonio Vasquez (Manager),
Paul Theodor Pyl (Manager),
Prasoon Agarwal (Manager),
Yuan Li (Manager),
Massimiliano Volpe (Manager) &
Katja Kozjek (Manager)

Infrastruktur

Akronym

NBIS

Namn på nationell/internationell infrastruktur som denna infrastruktur tillhör

NBIS är en nationell bioinfrastruktur som alla stora universitet i Sverige tillsammans bidrar till. NBIS är också den svenska noden i den europeiska infrastrukturen för bioinformatik, Elixir.

Beskrivning

NBIS tillhandahåller bästa möjliga bioinformatik-support inom alla stora bioinformatiska områden som proteomik, genomik och biostatistik.

Utrustning och resurser

NBIS primära resurs är dess personal och deras expertis inom bioinformatik. NBIS kan också hjälpa till med tillgång till diverse datorsystem som är lämpliga för olika behov i forskningssamhället, inklusive beräkningkluster och lagring av känsliga data.

Erbjudna tjänster

Infrastrukturen strävar efter att möjliggöra forskning i världsklass genom att tillhandahålla expertis inom bioinformatik.

NBIS erbjuder drop-in möten varje vecka, konsultationer och ett brett utbud av träning, korttids- och långtidssupport för bioinformatik i svenska forskningsprojekt.

Styrning av infrastrukturen

Uppsala universitet är värdinstitut för NBIS, som är en distribuerad nationell forskningsinfrastruktur finansierad av Vetenskapsrådet, Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, Science for Life Laboratory och ett flertal universitet i Sverige.

Ämnesklassifikation (UKÄ)

Bioinformatik och beräkningsbiologi

Infrastrukturkategori

Infrastruktur av nationellt intresse (Vetenskapsrådet)

Kontaktinformation

Namn	Dag Ahrén
Webbadresser	Webbplats, Broschyr/dokumentation

Hierarki

2. Infrastruktur av nationellt intresse (Vetenskapsrådet)

National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS

Villkor för lån / bokning

Tillgänglig för lån - internt och externt

De olika former av hjälp som NBIS erbjuder kan nås via NBIS hemsida (www.nbis.se).

124 Artikel i vetenskaplig tidskrift
2 Debate/Note/Editorial
2 Översiktsartikel
2 Doktorsavhandling (sammanläggning)
Mer
- 1 Letter

Integrins in cancer: insights into mechanisms and therapeutic potential
Agarwal, P., Raman, R., Agarwal, P., Prabhu, V. & Kumar, P., 2026 dec., I: Cell Communication and Signaling. 24, 1, 231.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Översiktsartikel › Peer review

Öppen tillgång
Multiple toxigenic and non-toxigenic species coexist in a bloom of the cyanobacterium Microcystis
Johansson, E., McLimans, C. J., Manoharan, L., Mazur-Marzec, H., Tromas, N., Pérez-Carrascal, O., Legrand, C., Hambright, K. D., Säll, T., Ahrén, D. & Rengefors, K., 2026 juni 26, (E-pub ahead of print) I: Harmful Algae. 103171.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång
Distinct Microbiota and Functional Pathway Profiles Define Success and Failure in Regenerative Endodontic Treatment
Naorem, L. D., Wikström, A., Quach, P., Manoharan, L., Ordinola‐Zapata, R., Rakhimova, O., Brundin, M. & Vestman, N. R., 2026 juni 23, (E-pub ahead of print) I: International Endodontic Journal. s. 1-15
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång
Integrated Host Genetics and Skin Microbiome Profiling Suggest an HLA-C-Peptostreptococcus Axis in Psoriasis
Seifert, O., Assarsson, M., Manoharan, L. & Söderman, J., 2026 maj 4, I: International Journal of Molecular Sciences. 27, 9, 4116.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång
Refining filtering criteria of Kraken family of tools for accurate taxonomic profiling of ancient metagenomic data
Oskolkov, N., 2026 maj, I: Frontiers in Microbiology. 17, 1603339.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång
Sexual dimorphism in zebrafish liver proteins and implications for hepatic regeneration and diseases
Niksirat, H., Mengal, K., Kor, G., Steinbach, C. & Levander, F., 2025 dec., I: Scientific Reports. 15, 1, 33565.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång
Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains
Guinet, B., Oskolkov, N., Moreland, K., Dehasque, M., Chacón-Duque, J. C., Angerbjörn, A., Arsuaga, J. L., Danilov, G., Kanellidou, F., Kitchener, A. C., Muller, H., Plotnikov, V., Protopopov, A., Tikhonov, A., Termes, L., Zazula, G., Mortensen, P., Grigorieva, L., Richards, M. & Shapiro, B. & 8 andra, Lister, A. M., Vartanyan, S., Díez-del-Molino, D., Götherström, A., Pečnerová, P., Nikolskiy, P., Dalén, L. & van der Valk, T., 2025 nov. 13, I: Cell. 188, 23, s. 6606-6619.e24
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

1 Deltagit i konferens

Workshop on Genomics
Ahrén, D. (organisatör)
2011 → 2020
Aktivitet: Deltagit i eller arrangerat evenemang › Deltagit i konferens

National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS

Information

Akronym

Namn på nationell/internationell infrastruktur som denna infrastruktur tillhör

Beskrivning

Utrustning och resurser

Erbjudna tjänster

Styrning av infrastrukturen

Ämnesklassifikation (UKÄ)

Infrastrukturkategori

Kontaktinformation

Hierarki

Villkor för lån / bokning

Forskningsoutput

Aktiviteter