Forskningen vid Nationalekonomiska institutionen är organiserad i ett antal forskningsområden. Forskningsområdena är i flera fall är knutna till institutionens utbildningsinriktningar. Finansiell ekonomi med särskilt fokus på empirisk analys av priser på finansiella tillgångar och finansiell ekonometri; denna grupp överlappar forskningsgruppen i ekonometri; internationell ekonomi och utvecklingsekonomi med särskilt fokus på handelsteori, ekonomisk integration och policyorienterad utvecklingsekonomi; hälsoekonomi; makroekonomi; mikroekonomi med ett antal seniora forskare inom olika tillämpningsområden som t.ex. institutionell design och experimentell ekonomi, samt offentlig ekonomi. Många forskare i institutionens forskargrupper är också aktiva i forskningssamarbeten vid Ekonomihögskolan.