Forskningen vid Nationalekonomiska institutionen är organiserad i ett antal forskningsområden. Forskningsområdena är i flera fall är knutna till institutionens utbildningsinriktningar. Finansiell ekonomi med särskilt fokus på empirisk analys av priser på finansiella tillgångar och finansiell ekonometri; denna grupp överlappar forskningsgruppen i ekonometri; internationell ekonomi och utvecklingsekonomi med särskilt fokus på handelsteori, ekonomisk integration och policyorienterad utvecklingsekonomi; hälsoekonomi; makroekonomi; mikroekonomi med ett antal seniora forskare inom olika tillämpningsområden som t.ex. institutionell design och experimentell ekonomi, samt offentlig ekonomi. Många forskare i institutionens forskargrupper är också aktiva i forskningssamarbeten vid Ekonomihögskolan.

Nationalekonomiska institutionen är en av de största institutionerna inom Ekonomihögskolan vid Lunds universitet. Antalet studenter som registreras vid institutionen under ett läsår uppgår till cirka 2000. Drygt 100 personer är mer eller mindre fast knutna till institutionens verksamhet som lärare, forskare, doktorander och administrativ personal.