Forskningsfokus för Borrebaeck har varit olika terapeutiska koncept för cancer behandling samt avancerad molekylär diagnos. Cancerterapi baserat på rekombinanta mänskliga antikroppar mot tumör associerade målstrukturer eller check point inhibitorer har resulterat i en rad kliniska försök syftande till att förbättra behandlingsstrategierna för patienter.

Det diagnostiska fokuset har varit på tidig diagnostik av indikationer med sämst prognos. I den största studien någonsin på pankreascancer, kunde vi skilja patienter med pankreas fas I och II från kontroll individer med en noggrannhet på 96%.

Borrebaeck har initierade det translationella cancercentrat CREATE Health 2006 samt det tvärvetenskapliga programmet MAD för cancer 2015, vilket syftar till att angripa alla tumörens komponenter, och involverar fyra fakulteter.