Srinivas Veerla

2024

Kataegis in clinical and molecular subgroups of primary breast cancer

Veerla, S. & Staaf, J., 2024 apr. 24, I: npj Breast Cancer. 10, 1, s. 1-13 32.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Genomic alterations in ovarian endometriosis and subsequently diagnosed ovarian carcinoma

Linder, A., Westbom-Fremer, S., Mateoiu, C., Olsson Widaja, A., Österlund, T., Veerla, S., Ståhlberg, A., Ulfenborg, B., Hedenfalk, I. & Sundfeldt, K., 2024 mars 9, (E-pub ahead of print) I: Human Reproduction. s. 1-14 deae043.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

The role of extracellular vesicle fusion with target cells in triggering systemic inflammation

Papareddy, P., Tapken, I., Kroh, K., Varma Bhongir, R. K., Rahman, M., Baumgarten, M., Cim, E. I., Györffy, L., Smeds, E., Neumann, A., Veerla, S., Olinder, J., Thorlacus, H., Ryden, C., Bartakova, E., Holub, M. & Herwald, H., 2024 feb. 7, I: Nature Communications. 15, 1150.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Kataegis in clinical and molecular subgroups of primary breast cancer

Veerla, S. & Staaf, J., 2024.

Forskningsoutput: Konferensbidrag › Poster › Peer review

2023

CD169⁺ Macrophages in Primary Breast Tumors Associate with Tertiary Lymphoid Structures, T_regs and a Worse Prognosis for Patients with Advanced Breast Cancer

Briem, O., Källberg, E., Kimbung, S., Veerla, S., Stenström, J., Hatschek, T., Hagerling, C., Hedenfalk, I. & Leandersson, K., 2023, I: Cancers. 15, 4, 1262.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Deciphering the normal-like molecular subtype of breast cancer

Veerla, S., Kimbung, S., Vallon-Christersson, J., Ebbesson, A. & Hedenfalk, I., 2023.

Forskningsoutput: Konferensbidrag › Poster

Perturbation and stability of PAM50 subtyping in population-based primary invasive breast cancer

Veerla, S., Hohmann, L., Nacer, D. F., Vallon-Christersson, J. & Staaf, J., 2023, I: npj Breast Cancer. 9, 1, 83.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Perturbation and stability of PAM50 subtyping in population-based primary invasive breast cancer

Veerla, S., Hohmann, L., Nacer, D. F., Vallon-Christersson, J. & Staaf, J., 2023.

Forskningsoutput: Konferensbidrag › Poster

2022

How Reliable Are Gene Expression-Based and Immunohistochemical Biomarkers Assessed on a Core-Needle Biopsy? A Study of Paired Core-Needle Biopsies and Surgical Specimens in Early Breast Cancer

Saghir, H., Veerla, S., Malmberg, M., Rydén, L., Ehinger, A., Saal, L. H., Vallon-Christersson, J., Borg, Å., Hegardt, C., Larsson, C., Haidar, A., Hedenfalk, I., Loman, N. & Kimbung, S., 2022 aug. 18, I: Cancers. 14, 16, s. 1-16 4000.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Interferon Alpha-Inducible Protein 27 Expression Is Linked to Disease Severity in Chronic Infection of Both HIV-1 and HIV-2

Palm, A. A., Veerla, S., Lindman, J., Isberg, P., Johansson, E., Biague, A., Månsson, F., Norrgren, H., Esbjörnsson, J., Medstrand, P. & Jansson, M., 2022 juni 1, I: Frontiers in Virology. 2

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

SRIQ clustering: A fusion of Random Forest, QT clustering, and KNN concepts

Karlström, J., Aine, M., Staaf, J. & Veerla, S., 2022, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 20, s. 1567-1579 13 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

2021

Detection of Copy Number Aberration and Tumor Fraction in Archival Cervical Specimens from Ovarian Cancer Patients using Shallow Whole Genome Sequencing.

Martin de la Fuente, L., Li, M., Veerla, S. & Hedenfalk, I., 2021 maj 11, (Accepted/In press).

Forskningsoutput: Konferensbidrag › Poster

Distinct mechanisms of resistance to fulvestrant treatment dictate level of ER independence and selective response to CDK inhibitors in metastatic breast cancer

Kaminska, K., Akrap, N., Staaf, J., Alves, C. L., Ehinger, A., Ebbesson, A., Hedenfalk, I., Beumers, L., Veerla, S., Harbst, K., Ehmsen, S., Borgquist, S., Borg, Å., Pérez-Fidalgo, A., Ditzel, H. J., Bosch, A. & Honeth, G., 2021 feb. 18, I: Breast cancer research : BCR. 23, 1, s. 26

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

2019

A human antithrombin isoform dampens inflammatory responses and protects from organ damage during bacterial infection

Papareddy, P., Rossnagel, M., Doreen Hollwedel, F., Kilic, G., Veerla, S., Naudin, C., Smeds, E., Westman, J., Martinez-Martinez, I., Egesten, A., de la Morena-Barrio, M. E., Corral, J., Linder, A., Artoni, A., Abbattista, M., Novembrino, C., Herbert Brakebusch, C., Martinelli, I., Kasetty, G. & Herwald, H., 2019, I: Nature Microbiology. 4, 12, s. 2442-2455

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

2018

Promoter-associated proteins of EPAS1 identified by enChIP-MS – A putative role of HDX as a negative regulator

Hamidian, A., Vaapil, M., von Stedingk, K., Fujita, T., Persson, C. U., Eriksson, P., Veerla, S., De Preter, K., Speleman, F., Fujii, H., Påhlman, S. & Mohlin, S., 2018 maj 5, I: Biochemical and Biophysical Research Communications. 499, 2, s. 291-298 8 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Assessment of early response biomarkers in relation to long-term survival in patients with HER2-negative breast cancer receiving neoadjuvant chemotherapy plus bevacizumab: Results from the Phase II PROMIX trial

Kimbung, S., Markholm, I., Bjöhle, J., Lekberg, T., Wachenfeldt, V. A., Azavedo, E., Saracco, A., Hellström, M., Veerla, S., Paquet, E., Bendahl, P. O., Fernö, M., Bergh, J., Loman, N., Hatschek, T. & Hedenfalk, I., 2018, I: International Journal of Cancer. 142, 3, s. 618-628

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

2017

Cell-Type-Specific Gene Programs of the Normal Human Nephron Define Kidney Cancer Subtypes

Lindgren, D., Eriksson, P., Krawczyk, K., Nilsson, H., Hansson, J., Veerla, S., Sjölund, J., Höglund, M., Johansson, M. E. & Axelson, H., 2017 aug. 8, I: Cell Reports. 20, 6, s. 1476-1489 14 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Gene expression profiling of large cell lung cancer links transcriptional phenotypes to the new histological WHO2015 classification

Karlsson, A., Brunnström, H., Micke, P., Veerla, S., Mattsson, J. M., La Fleur, L., Botling, J., Jönsson, M., Reuterswärd, C., Planck, M. & Staaf, J., 2017, I: Journal of Thoracic Oncology. 12, 8, s. 1257-1267

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

2016

CYP1A2 - a novel genetic marker for early aromatase inhibitor response in the treatment of breast cancer patients

Simonsson, M., Veerla, S., Markkula, A., Rose, C., Ingvar, C. & Jernström, H., 2016, I: BMC Cancer. 16, 1, 256.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Transcriptional profiling of breast cancer metastases identifies liver metastasis-selective genes associated with adverse outcome in luminal A primary breast cancer.

Kimbung, S., Johansson, I., Danielsson, A., Veerla, S., Brage, S. E., Frostvik Stolt, M., Skoog, L., Carlsson, L., Einbeigi, Z., Lidbrink, E., Linderholm, B. K., Loman, N., Malmström, P., Söderberg, M., Walz, T. M., Fernö, M., Hatschek, T. & Hedenfalk, I., 2016, I: Clinical Cancer Research. 22, 1, s. 146-157

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Fil

310 Nedladdningar (Pure)

2015

Genetic and epigenetic characterization of hypodiploid acute lymphoblastic leukemia.

Safavi, S., Olsson, L., Biloglav, A., Veerla, S., Blendberg, M., Tayebwa, J., Behrendtz, M., Castor, A., Hansson, M., Johansson, B. & Paulsson, K., 2015, I: Oncotarget. 6, 40

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Global transcriptional changes following statin treatment in breast cancer.

Bjarnadottir, O., Kimbung, S., Johansson, I., Veerla, S., Jönsson, M., Bendahl, P-O., Grabau, D., Hedenfalk, I. & Borgquist, S., 2015, I: Clinical Cancer Research. 21, 15, s. 3402-3411

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Integrative epigenomic analysis of differential DNA methylation in urothelial carcinoma.

Aine, M., Sjödahl, G., Eriksson, P., Veerla, S., Lindgren, D., Ringnér, M. & Höglund, M., 2015, I: Genome Medicine. 7, 1, 23.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

399 Nedladdningar (Pure)

Molecular subtypes of urothelial carcinoma are defined by specific gene regulatory systems.

Eriksson, P., Aine, M., Veerla, S., Liedberg, F., Sjödahl, G. & Höglund, M., 2015, I: BMC Medical Genomics. 8, 1, 25.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

399 Nedladdningar (Pure)

Statin-induced anti-proliferative effects via cyclin D1 and p27 in a window-of-opportunity breast cancer trial.

Feldt, M., Bjarnadottir, O., Kimbung, S., Jirström, K., Bendahl, P-O., Veerla, S., Grabau, D., Hedenfalk, I. & Borgquist, S., 2015, I: Journal of Translational Medicine. 13, 133

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

278 Nedladdningar (Pure)

2014

Transcription Factor Binding Site Analysis Identifies FOXO Transcription Factors as Regulators of the Cutaneous Wound Healing Process.

Roupé, K. M., Veerla, S., Olson, J., Stone, E. L., Sørensen, O. E., Hedrick, S. M. & Nizet, V., 2014, I: PLoS ONE. 9, 2, e89274.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

189 Nedladdningar (Pure)

2013

Constitutional trisomy 8 mosaicism as a model for epigenetic studies of aneuploidy.

Davidsson, J., Veerla, S. & Johansson, B., 2013, I: Epigenetics & Chromatin. 6, 1, 18.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

150 Nedladdningar (Pure)

Distinct gene expression signatures in lynch syndrome and familial colorectal cancer type x.

Dominguez, M., Therkildsen, C., Veerla, S., Jönsson, M., Bernstein, I., Borg, Å. & Nilbert, M., 2013, I: PLoS ONE. 8, 8, e71755.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

572 Nedladdningar (Pure)

Identification of transcriptional subgroups in EGFR-mutated and EGFR/KRAS-wild type lung adenocarcinoma reveals gene signatures associated with patient outcome.

Planck, M., Isaksson, S., Veerla, S. & Staaf, J., 2013, I: Clinical Cancer Research. 19, 18, s. 5116-5126

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Prognostic Significance in Breast Cancer of a Gene Signature Capturing Stromal PDGF Signaling

Frings, O., Augsten, M., Tobin, N. P., Carlson, J., Paulsson, J., Pena, C., Olsson, E., Veerla, S., Bergh, J., Ostman, A. & Sonnhammer, E. L. L., 2013, I: American Journal of Pathology. 182, 6, s. 2037-2047

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

STC1 Expression By Cancer-Associated Fibroblasts Drives Metastasis of Colorectal Cancer

Pena, C., Virtudes Cespedes, M., Lindh, M. B., Kiflemariam, S., Mezheyeuski, A., Edqvist, P-H., Hagglof, C., Birgisson, H., Bojmar, L., Jirström, K., Sandstrom, P., Olsson, E., Veerla, S., Gallardo, A., Sjoblom, T., Chang, A. C. -M., Reddel, R. R., Mangues, R., Augsten, M. & Ostman, A., 2013, I: Cancer Research. 74, 4, s. 1287-1297

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

2012

A Molecular Taxonomy for Urothelial Carcinoma.

Sjödahl, G., Lauss, M., Lövgren, K., Chebil, G., Gudjonsson, S., Veerla, S., Hultman Patschan, O., Aine, M., Fernö, M., Ringnér, M., Månsson, W., Liedberg, F., Lindgren, D. & Höglund, M., 2012, I: Clinical Cancer Research. 18, 12, s. 3377-3386

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

510 Nedladdningar (Pure)

DNA methylation analyses of urothelial carcinoma reveal distinct epigenetic subtypes and an association between gene copy number and methylation status.

Lauss, M., Aine, M., Sjödahl, G., Veerla, S., Hultman Patschan, O., Gudjonsson, S., Chebil, G., Lövgren, K., Fernö, M., Månsson, W., Liedberg, F., Ringnér, M., Lindgren, D. & Höglund, M., 2012, I: Epigenetics. 7, 8, s. 858-867

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

273 Nedladdningar (Pure)

Retained heterodisomy is associated with high gene expression in hyperhaploid inflammatory leiomyosarcoma.

Hansén Nord, K., Paulsson, K., Veerla, S., Wejde, J., Brosjö, O., Mandahl, N. & Mertens, F., 2012, I: Neoplasia. 14, 9, s. 807-812

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

2011

FUS-CREB3L2/L1-Positive Sarcomas Show a Specific Gene Expression Profile with Upregulation of CD24 and FOXL1.

Möller, E., Hornick, J. L., Magnusson, L., Veerla, S., Domanski, H. & Mertens, F., 2011, I: Clinical Cancer Research. 17, 9, s. 2646-2656

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

2010

Combined gene expression and genomic profiling define two intrinsic molecular subtypes of urothelial carcinoma and gene signatures for molecular grading and outcome.

Lindgren, D., Frigyesi, A., Gudjonsson, S., Sjödahl, G., Halldén, C., Chebil, G., Veerla, S., Ryden, T., Månsson, W., Liedberg, F. & Höglund, M., 2010, I: Cancer Research. 70, 9, s. 3463-3472

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Genome-wide transcription factor binding site/promoter databases for the analysis of gene sets and co-occurrence of transcription factor binding motifs.

Veerla, S., Ringnér, M. & Höglund, M., 2010, I: BMC Genomics. 11, 145.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Fil

373 Nedladdningar (Pure)

2009

MiRNA expression in urothelial carcinomas: Important roles of miR-10a, miR-222, miR-125b, miR-7 and miR-452 for tumor stage and metastasis, and frequent homozygous losses of miR-31.

Veerla, S., Lindgren, D., Kvist, A., Frigyesi, A., Staaf, J., Persson, H., Liedberg, F., Chebil, G., Gudjonsson, S., Borg, Å., Månsson, W., Rovira, C. & Höglund, M., 2009, I: International Journal of Cancer. 124, s. 2236-2242

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

The DNA methylome of pediatric acute lymphoblastic leukemia.

Davidsson, J., Lilljebjörn, H., Andersson, A., Veerla, S., Heldrup, J., Behrendtz, M., Fioretos, T. & Johansson, B., 2009, I: Human Molecular Genetics. Aug 13, s. 4054-4065

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

2008

Tiling resolution array CGH and high density expression profiling of urothelial carcinomas delineate genomic amplicons and candidate target genes specific for advanced tumors.

Heidenblad, M., Lindgren, D., Jonson, T., Liedberg, F., Veerla, S., Chebil, G., Gudjonsson, S., Borg, Å., Månsson, W. & Höglund, M., 2008, I: BMC Medical Genomics. 1, Jan 31, 3.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Fil

237 Nedladdningar (Pure)

2006

Analysis of promoter regions of co-expressed genes identified by microarray analysis

Veerla, S. & Höglund, M., 2006, I: BMC Bioinformatics. 7

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Independent component analysis reveals new and biologically significant structures in micro array data

Frigyesi, A., Veerla, S., Lindgren, D. & Höglund, M., 2006, I: BMC Bioinformatics. 7

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

2005

Microarray-based Analyses of Hypoxia-induced Transcriptional Changes in Breast Cancer Cell Lines

Hedenfalk, I., Glarner, N., Kronblad, Å., Veerla, S., Ringnér, M. & Landberg, G., 2005 mars, I: Cancer Genomics & Proteomics. 2, 2, s. 83-95

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

2004

ACID: a database for microarray clone information

Ringnér, M., Veerla, S., Andersson, S., Staaf, J. & Häkkinen, J., 2004 feb. 12, I: Bioinformatics. 20, 14, s. 2305-2306

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

Srinivas Veerla

Forskningsoutput

Sökresultat