Analysing large-scale microscopy datasets with AI-based approaches

Aits, Sonja (PI)
Åström, Kalle (PI)
Maad Sasane, Sara (PI)
Oskolkov, Nikolay (Forskare)
Simpson, Kaylene (Forskare)
Kazemi Rashed, Salma (Forskarstuderande)
Lim, Jong Chan (Forskarstuderande)

Victorian Centre for Functional Genomics

Projekt: Forskning

Beskrivning

In this project we are developing AI-based approaches for analysing large datasets with microscopy images generated by high-content imaging screens.

Status	Pågående
Gällande start-/slutdatum	2018/11/28 → …

Samarbetspartner

Lunds universitet (huvudsaklig)
National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS (Projektpartner)
Science for Life Laboratory

Ämnesklassifikation (UKÄ)

Medicinska grundvetenskaper
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Matematik

3 Övrigt
1 Artikel i vetenskaplig tidskrift
1 Preprint (i preprint-arkiv)

[Dataset]: An annotated high-content fluorescence microscopy dataset with EGFP-Galectin-3-stained cells and manually labelled outlines
Kazemi Rashed, S., Arvidsson, M., Ahmed, R. & Aits, S., 2024 juni 24
Forskningsoutput: Icke-textbaserad output › Övrigt

Öppen tillgång
An annotated high-content fluorescence microscopy dataset with 2 EGFP-Galectin-3-stained cells and manually labelled outlines
Kazemi Rashed, S., Arvidsson, M., Ahmed, R. & Aits, S., 2024 juni 24, Zenodo.
Forskningsoutput: Working paper/Preprint › Preprint (i preprint-arkiv)

Öppen tillgång
An annotated high-content fluorescence microscopy dataset with Hoechst 33342-stained nuclei and manually labelled outlines
Arvidsson, M., Rashed, S. K. & Aits, S., 2023 feb., I: Data in Brief. 46, 108769.
Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel i vetenskaplig tidskrift › Peer review

Öppen tillgång

1 Avslutade
3 Aktiva

Using artificial intelligence and advanced computational tools to identify biological pathways, disease mechanisms and therapeutic opportunities
Kazemi Rashed, S. (Forskarstuderande) & Aits, S. (Handledare)
2020/04/01 → …
Projekt: Avhandling
Environmental toxins as cause of lysosomal damage-induced cell death in animals and humans
Aits, S. (PI), Kazemi Rashed, S. (Forskarstuderande) & Ahmed, R. (Forskarstuderande)
FORMAS, Forskningsrådet för miljö, areella näringar och samhällsbyggande
2020/01/01 → …
Projekt: Forskning
AI Lund: AI-forskning vid Lunds universitet
Åström, K. (Projektkoordinator), Malec, J. (Projektkoordinator), Larsson, S. (Projektkoordinator), Ohlsson, M. (Projektkoordinator), Balkenius, C. (Projektkoordinator), Dutceac Segesten, A. (Projektkoordinator), Haider, J. (Projektkoordinator), Willim, R. (Projektkoordinator), Ledendal, J. (Projektkoordinator), Aits, S. (Projektkoordinator), Hedlund, M. (Forskare), Wisbrant, J. (Projektkommunikatör), Heiberg, E. (PI), Topp, E. A. (Forskare), Janneck, J. (Forskare), Klang, M. (Forskare), Brinck, I. (Forskare), Sundin, O. (Forskare), Westin, E. (Administratör), Blom Lussi, E. (Projektkoordinator) & Axhamn, J. (Projektkoordinator)
2018/01/01 → …
Projekt: Nätverk

1 Framträdande i media

Fråga Lund - segment on ChatGPT and AI
Aits, S. (Roll ej angiven)
2023 okt. 23
Aktivitet: Annan › Framträdande i media