Exploration of the active site of β4GalT7 – Synthesis of substrates and inhibitors

Ytan av alla celler är dekorerad med kolhydrater som står för mycket av den information en cell överför till omgivande celler. Många av kolhydraterna tillhör en föreningsklass som kallas proteoglykaner som består av ett protein sammanbundet med en eller flera långa kolhydratkedjor. Dessa kolhydratkedjor kallas glykosaminoglykaner och är bundna till proteinet via kolhydraten xylos. Än så länge har vi bara en vag aning om sambanden mellan strukturen hos glykosaminoglykanerna och den information de överför. Denna avhandling handlar om att skapa verktyg som kan ge oss insikter i hur glykosaminoglykanerna bildas.
Xylosider, det vill säga molekyler baserade på xylos kopplat till en annan molekyl – en aglykon, kan gå in i celler och starta eller blockera bildandet av glykosaminoglykaner genom att efterlikna det naturliga substratet för ett visst enzym – β4GalT7. För att öka förståelsen för hur en xylosid ska se ut för att vara ett bra substrat eller en bra hämmare för β4GalT7 har vi syntetiserat och testat aktiviteten av olika xylosider.
Vi har valt att systematiskt undersöka tre olika delar av xylosidmolekylerna - själva kolhydraten, kopplingen och aglykonen. Vi har hittat ett antal nya molekyler som fungerar som bra substrat för β4GalT7 och vi har också hittat substanser som fungerar som hämmare.
Resultaten i den här avhandlingen lägger en grund för vilka strukturelement som kan inkorporeras i xylosider för att ge effektiva substrat samt grundläggande krav för en hämmare.